Cамым надёжным и методом диагностики хеликобактерной инфекции является биопсия, производимая во время эндоскопического обследования желудка и двенадцатиперстной кишки. Взятую при биопсии ткань слизистой подвергают тестированию на наличие уреазы и антигенов геликобактера, гистологическому исследованию.